- 空中交通：
- 立榮航空每日有固定7航班往返松山—南竿、3航班往返松山—北竿，飛行時間約50分鐘；每日固定1航班往返台中—南竿，飛行時間約65分鐘。
- 馬祖地區氣候變化大，航班隨季節天候狀況可能會有異動，建議旅客出發前再洽立榮航空公司確認。
- 海上交通：
- 新華航業每日有固定航班(台馬輪)往返基隆、南竿、東引三地。如受天候影響風浪超過10級時將停航，建議旅客出發前再洽新華航業公司確認。
- 島際交通：
- 南竿 → 北竿
- 南竿 → 北竿：每日07:00-17:00，每整點開航。
- 北竿 → 南竿：每日07:30-17:30，每半點整開航。
- 南竿 → 東引
- 南竿 → 東引：請至福澳港搭乘「先馬後東」之台馬輪
- 東引 → 南竿：請至中柱港搭「先東後馬」之台馬輪船班。
- 南竿 → 莒光
- 每日三班，南竿到東莒(或西莒)之航程約50分鐘，東、西莒間航程約10分鐘
- 東莒 → 西莒
- 每日4班，航程約10分鐘
- 南竿 → 北竿
- 陸上交通：
- 機車出租費用多為每日500-600元、半日300元(皆加滿油)，有些車行還提供導覽地圖，或是機場與碼頭租車、還車時的接送服務。
